เมื่อวันที่ 16 กันยายน 2557 เวลาประมาณ 09.30 น. ที่สำนักงานคณะกรรมการสิทธิมนุษยชนแห่งชาติ ศูนย์ราชการใหม่ ถนนแจ้งวัฒนะ คณะอนุฯ กสม.ซึ่งมีนพ.นิรันดร์ พิทักษ์วัชระ กรรมการสิทธิมนุษยชนแห่งชาติ (กสม.) เป็นประธาน ได้ประชุมพิจารณาเรื่องแผนการก่อสร้างโครงการท่าเรือน้ำลึกปากบารา จังหวัดสตูลในยุคคณะรักษาความสงบแห่งชาติ (คสช.)โดยเชิญตัวแทนที่เกี่ยวข้อง อาทิ จากกรมเจ้าท่า กรมโยธาธิการและผังเมือง กรมอุทยานแห่งชาติ สัตว์ป่าและพันธุ์พืช สำนักงานนโยบายและแผนทรัพยากรธรรมชาติและสิ่งแวดล้อม (สผ.) ตัวแทนองค์การปกครองท้องถิ่น(อปท.)นักวิชาการและชาวบ้านในพื้นที่เข้าร่วมประชุมประมาณ 20 คน โดยใช้เวลาหารือประมาณ 3 ชั่วโมงก่อนที่ตัวแทนชาวบ้านยื่นหนังสือต่อกรมเจ้าท่าให้ระงับแผนการก่อสร้างและยื่นหนังสือถึงกรมอุทยานฯ เพื่อคัดค้านการเพิกถอนพื้นที่อุทยานแห่งชาติสำหรับการก่อสร้างท่าเรือกว่า 4,000 ไร่
ทั้งนี้บรรยากาศในการประชุมนั้น ได้เปิดโอกาสให้แต่ละฝ่ายได้นำเสนอข้อมูลแต่ละประเด็นที่หน่วยงานได้รับผิดชอบ และกำหนดให้ฝ่ายตรงข้ามได้ตั้งคำถามกรณีความไม่โปร่งใสหรือพบข้อบกพร่องต่อแผนการก่อสร้างและกระบวนต่างๆก่อนดำเนินการ และให้ฝ่ายชาวบ้านได้ชี้แจงข้อกังวลโดยนำเสนอข้อมูลวิจัยชุมชนกรณีที่ไม่เห็นด้วย
สำหรับประเด็นหลักที่มีการโต้แย้งกันในระหว่างการประชุม ได้แก่ 1. การจัดทำรายงานผลกระทบทางสิ่งแวดล้อมและสุขภาพ หรือ อีเอชไอเอ ที่สผ.และกรมเจ้าท่าดำเนินการ ไม่มีความโปร่งใสในการเปิดเผยข้อมูลที่เป็นปัจจุบันซึ่งทางกรมเจ้าท่าและ สผ.ยืนยันว่า รายงานอีเอชไอเอและอีไอเอ ประชาชนยังสามารถเข้าร่วมและเสนอเอกสารการวิจัยผลกระทบให้พิจารณาได้ต่อไป เพราะรายงานเดิมนั้นดำเนินการตั้งแต่ปี 2548 และเผยแพร่ปี 2552 ซึ่งเป็นเพียงร่างรายงานเท่านั้น ยังไม่มีการยืนยันว่าจะดำเนินการ
2. ประเด็นเรื่องความกังวลของประชาชนต่อการวางผังเมืองสตูลเพื่อรองรับโครงการอุตสาหกรรมและโครงการท่าเรือน้ำลึกที่มีในแผนพัฒนา ซึ่งระบุว่าต้องใช้พื้นที่ 150,000 ไร่ และเตรียมประกาศใช้ผังเมืองดังกล่าวแล้วนั้น ขณะนี้ประชาชนไม่มีความพร้อมและไม่เห็นด้วยต่อกรณีดังกล่าวเพราะที่ผ่านมาสำนักผังเมืองไม่เคยหารือคนท้องถิ่นหรือทำประชาพิจารณ์แผนพัฒนาดังกล่าว ดังนั้นจึงขอให้กสม.พิจารณาเรื่องความเป็นธรรมต่อการใช้อำนาจในหน่วยงานรัฐด้วย ขณะที่สำนักผังเมืองยืนยันว่าข้อเท็จจริงเรื่องดังกล่าว ประชาชนยังสามารถยื่นคัดค้านแผนผังเมืองได้ถึงปลายเดือนกันยายน โดยยืนยันว่าแผนผังเมืองที่ภาครัฐและเอกชนได้เสนอเข้ามายังไม่มีการพิจารณาเพื่อประกาศใช้ ดังนั้นประชาชนสามารถยื่นข้อคัดค้านได้ต่อไป
3. กรณีความกังวลของชาวบ้านเกี่ยวกับการเพิกถอนพื้นที่อุทยานแห่งชาติฯ ที่มีการอนุรักษ์มาช้านาน แต่ต้องใช้พื้นที่กว่า 4,734 ไร่เพื่อรองรับการก่อสร้างอุตสาหกรรมต่างๆ รวมทั้งท่าเรือน้ำลึกนั้น ชาวสตูลเชื่อว่าเป็นแนวทางการพัฒนาประเทศที่สวนทางกับวิถีชีวิตคนสตูล และขอคัดค้านการเพิกถอนพื้นที่อุทยานฯทุกกรณีเกี่ยวกับแผนพัฒนาอุตสาหกรรม
นายสมบูรณ์ คำแหง ตัวแทนเครือภาคข่ายประชาชนติดตามแผนพัฒนาจังหวัดสตูล กล่าวว่าในอดีตนั้นชาวสตูลเคยยอมสละพื้นที่ทำกินเพื่อประกาศเขตอุทยานแห่งชาติตะรุเต่ามาแล้ว ครั้งนั้นชาวบ้านหลายครัวเรือนถูกเวนคืนที่ดิน เพราะเห็นควรว่าเป็นการเปิดโอกาสอนุรักษ์ธรรมชาติ ถือเป็นความชอบธรรมในฐานะเพื่อนมนุษย์ที่ต้องพึ่งพาอาศัยธรรมชาติ หากครั้งนี้อุทยานฯ ยอมให้กรมเจ้าท่าและรัฐบาลไม่ว่าใครจะขึ้นปกครองประเทศ นำไปใช้เพื่อพัฒนาอุตสาหกรรมสนองความต้องการของทุนข้ามชาติและเอกชนบางกลุ่ม ชาวสตูลจะขอคัดค้านทุกกรณีและไม่เสียสละพื้นที่อยู่อาศัย ที่ทำกิน ที่ท่องเที่ยวเพื่อใครอีกแล้ว
นาวจันทร์เพ็ญ เนียมหอม นักวิชาการป่าไม้ชำนาญการ สำนักอุทยานฯ สตูล กล่าวว่า ทางอุทยานฯ ยังไม่มีการพิจารณาการขอพื้นที่สร้างแหล่งอุตสาหกรรมทั้งหมดตามที่ชาวบ้านเป็นกังวล แต่เบื้องต้นทางกรมเจ้าท่าเสนอให้พิจารณาพื้นที่ถมทะเลในเฟสแรกก่อน กว่า 200 ไร่ ซึ่งทางอุทยานฯ ยังไม่อนุมัติหรือยินยอมใดๆ โดยเสียงคัดค้านจากภาคประชาชน ทางอุทยานฯ ยินดีรับฟังข้อเสนอจากประชาชนที่เสนอให้เปิดอุทยานแห่งชาติธรณีวิทยา กรณีพบซากดึกดำบรรพ์ในเขตอุทยานฯ รวมทั้งรับข้อเสนอกรณีพบสัตว์ทะเลสายพันธุ์ใหม่ ซึ่งอาจสรุปข้อมูลเสนอเป็นมรดกโลกต่อไปได้ และยินดีรับฟังข้อมูลทั้งสองฝ่ายควบคู่กัน
นพ.นิรันดร์ กล่าวภายหลังการประชุมแล้วเสร็จว่า กรณีโครงการท่าเรือน้ำลึกปากบารานั้น แม้ขณะนี้ คสช.จะมีอำนาจเบ็ดเสร็จก็ตามแต่การพัฒนาเศรษฐกิจ คสช.ต้องระลึกว่า เศรษฐกิจมี 2 กลุ่ม คือ 1.เศรษฐกิจระดับใหญ่ที่สร้างมูลค่าจากการลงทุนในประเทศและต่างประเทศ 2. เศรษฐกิจพอเพียง จำเป็นอย่างยิ่งที่ผู้มีอำนาจต้องให้ความสำคัญ เพราะเศรษฐกิจพอเพียงเป็นรากฐานของสังคมที่ช่วยปกป้องประเทศไม่ให้ถูกทุนข้ามชาติกอบโกยผลประโยชน์ โดยขอให้ทุกหน่วยงานคำนึงถึงการมีส่วนร่วมของประชาชนและรับฟังเสียงความคิดที่แตกต่างบ้าง เพื่อพยุงให้ประเทศเดินหน้าต่อไปได้โดยไม่เกิดความขัดแย้ง