เมื่อวันที่ 26 พฤศจิกายน 2558 เวลา 14.00 น. นายอนันต์ ชูโชติ อธิบดีกรมศิลปากร พร้อมด้วยเจ้าหน้าที่ได้เดินทางไปที่วัดกัลยาณมิตรวรมหาวิหาร เพื่อสำรวจสภาพโบราณสถานที่ถูกรื้อทำลาย และได้เข้าพบพระพรหมกวี เจ้าอาวาสวัดกัลยาณมิตรฯ โดยเป็นการพูดคุยเป็นการส่วนตัว ซึ่งทางวัดไม่อนุญาตให้คณะติดตามและสื่อมวลชนเข้าไปรับฟังการพูดคุยหรือสัมภาษณ์เจ้าอาวาส ทำให้คณะสื่อมวลชนต้องยืนรออยู่ที่หน้าประตูรั้วกุฏิ
ทั้งนี้ การที่อธิบดีกรมศิลปากรเดินทางเข้าพบกับเจ้าอาวาสวัดกัลยาณมิตรฯ ในครั้งนี้ ได้รับความสนใจจากสื่อหลายสำนัก เพราะกำลังเป็นประเด็นที่สังคมให้ความสนใจ เนื่องจากภายหลัง พ.ศ.2546 เป็นต้นมา ทางวัดได้รื้อถอน ทุบทำลายโบราณสถานจนเป็นที่วิพากษ์วิจารณ์อย่างกว้างขวาง โดยเจ้าอาวาสไม่เคยออกมาให้สัมภาษณ์ชี้แจงต่อสื่อมวลชน ขณะที่กรมศิลปากรเข้าแจ้งความดำเนินคดีกับทางวัดจนเป็นคดีความ 16 คดี เป็นความเสียหายต่อโบราณสถาน 45 รายการ เนื่องจากวัดกัลยาณมิตรฯ ถูกขึ้นทะเบียนโบราณสถานตั้งแต่ปี พ.ศ.2492 การที่วัดจะบูรณะซ่อมแซมส่วนใด จะต้องขออนุญาตจากอธิบดีกรมศิลปากร ตาม พ.ร.บ.โบราณสถาน โบราณวัตถุ ศิลปวัตถุ และพิพิธภัณฑสถานแห่งชาติ เพื่อจะจัดส่งเจ้าหน้าที่ไปช่วยออกแบบและบูรณะอนุรักษ์
นอกจากนี้ทางวัดยังเกิดกรณีพิพาทกับชุมชนเริ่มขึ้นเมื่อปี 2546 หลังจากที่เจ้าอาวาสรับตำแหน่ง และแกนนำชุมชนได้ออกมาวิพากษ์วิจารณ์การทุบทำลายโบราณสถานและโบราณวัตถุ จนในที่สุดทางวัดได้ยกเลิกสัญญาณเช่าที่ดินของชาวบ้านในปี 2549 พร้อมเสนอค่าชดเชยให้ชาวบ้าน 3,000 บาทต่อหลัง ชาวบ้านจึงไม่ยอมย้ายออกจนนำมาสู่การฟ้องคดีในศาล
นายอนันต์ ชูโชติ อธิบดีกรมศิลปากร ให้สัมภาษณ์ภายหลังการเข้าพบเจ้าอาวาสว่า ในฐานะตนเข้ารับตำแหน่งอธิบดีกรมศิลปากรคนใหม่ จึงถือโอกาสเข้านมัสการเจ้าอาวาส และพูดคุยถึงทิศทางการดำเนินการฟื้นฟูโบราณสถานภายในวัดกัลยาณมิตรฯ ซึ่งได้แจ้งให้เจ้าอาวาสทราบถึงแนวทางของกรมศิลปากรที่จะส่งเจ้าหน้าที่เข้ามาเร่งดำเนินการฟื้นฟูโบราณสถาน แต่สำหรับคดีความระหว่างกรมศิลปากรกับทางวัดนั้น ได้แจ้งกับเจ้าอาวาสไปว่ายังคงต้องดำเนินกระบวนการตามกฎหมายต่อไป
นายอนันต์ กล่าวต่อว่า หลังจากนี้ในระยะแรก กรมศิลปากรจะเข้ามาฟื้นฟูในเขตพุทธสีมาก่อน โดยจะเร่งรื้อถอนเศษซากศาลา 2 หลังที่ถูกทำลาย และฟื้นฟูสร้างขึ้นใหม่ในสภาพดังเดิม และรื้อโครงหลังคาบริเวณหน้าพระวิหาร และออกแบบพื้นที่สักการะและจุดที่ตั้งกระถางธูปให้สวยงาม ซึ่งเจ้าอาวาสไม่ขัดข้องแต่ขอให้ดำเนินการหลังวันตรุษจีนในต้นปีหน้า รวมทั้งเสนอให้กรมศิลปากรเร่งจัดทำแผนผังรวมโบราณสถานวัดกัลยาณมิตรฯ ซึ่งเรื่องนี้กรมศิลปากรจะเร่งดำเนินการตั้งคณะผู้ที่เกี่ยวข้องพิจารณาแผนผังโบราณสถานวัดกัลยาณมิตร เพื่อให้มีขอบเขตชัดเจน เช่นเดียวกับอีก 21 วัด ที่กรมศิลปากรได้ประกาศเป็นโบราณสถานเพียงชื่อ แต่ยังไม่มีการประกาศขอบเขตแนบท้ายในราชกิจจานุเบกษา
ผู้สื่อข่าวถามว่าแผนผังโบราณสถานวัดกัลยาณมิตรนั้น จะรวมไปถึงชุมชนกัลยาณมิตรที่มีประวัติศาสตร์อยู่คู่กับวัดมากว่า 100 ปี หรือไม่ อธิบดีกรมศิลปากรกล่าวว่า วันนี้ยังไม่ได้มีการพูดคุยกับเจ้าอาวาสถึงเรื่องชุมชน และยังไม่อยากพูดในประเด็นนี้ แต่คงต้องมีการเชิญผู้มีประสบการณ์และผู้ที่เกี่ยวข้องทั้งหมดมาร่วมหารือและร่างแผนผังฉบับนี้ ซึ่งอาจจะต้องมีขอบเขตไปถึงการออกแบบภูมิทัศน์ของชุมชนด้วยเพราะถ้าวัดเป็นสถานที่ที่ดูดี แต่มีภูมิทัศน์ไม่สวยงาม ก็จะดูไม่ดี
ผู้สื่อข่าวรายงานว่า จากการสำรวจชุมชนรอบวัดพบว่า ขณะนี้ได้มีการรื้อถอนบ้านเรือนของชาวบ้านไปจำนวนมากหลังเหลือแต่ซาก และเตรียมที่จะถูกปรับพื้นที่เป็นที่จอดรถของวัด โดยมีบ้านที่ไม่ได้ถูกวัดฟ้องขับไล่เหลืออยู่เพียงไม่กี่หลังเท่านั้น จากเดิมที่มีชาวบ้านอาศัยอยู่กว่า 200 ครัวเรือน โดยเจ้าของบ้านที่เหลืออยู่กำลังเตรียมขนของย้ายออกจากบ้านภายในวันที่ 15 ธันวาคมนี้ จากการสอบถามชาวบ้านบอกว่า ตอนนี้เรายอมแล้ว เพราะกลัวว่าจะไม่ปลอดภัย มีการข่มขู่ตายายคู่หนึ่งว่าถ้าอยากแก่ตายก็ให้รีบย้ายออกไป และเพิ่งจะโดนตัดน้ำตัดไฟโดยที่ไม่มีการแจ้งชาวบ้านก่อน ตอนนี้ก็เตรียมที่จะย้ายออกไปโดยไม่ยอมเซ็นหนังสือใดๆ ทั้งสิ้น และไม่ขอรับเงินชดเชยจากวัด
นอกจากนี้ผู้สื่อข่าวได้รับข้อมูลมาว่า เมื่อประมาณ 1 เดือนที่แล้ว ชาวบ้านรายหนึ่งที่เป็นแกนนำถูกกลุ่มชายฉกรรจ์รุมทำร้ายด้วยท่อเหล็กขณะที่กำลังตั้งแผงขายของที่ตลาดสายใต้ใหม่จนได้รับบาดเจ็บ ซึ่งในสถานการณ์ความหวาดกลัวทำให้ชาวบ้านเชื่อว่าอาจะมีความเชื่อมโยงจากกรณีปัญหาไล่รื้อ นอกจากนี้เตรียมจะขอคืนพื้นที่ส่วนหนึ่งของโรงเรียนวัดกัลยาณมิตร โดยจะมีการทุบอาคารเรียน 3 ชั้น เพื่อจะเปิดทางถนนเข้าออกที่จอดรถแห่งใหม่ ซึ่งมีข่าวว่าเตรียมจะให้เอกชนเช่าทำประโยชน์ ขณะเดียวกันภายหลังจากชาวบ้านทยอยถูกไล่รื้อย้ายออกไปจนเกือบหมด เด็กๆ ในชุมชนที่เคยเรียนในโรงเรียนแห่งนี้กว่า 100 คน จำต้องออกจากโรงเรียนแห่งนี้ จนทำให้มีจำนวนนักเรียนเหลืออยู่น้อยมาก ทำให้คาดว่าในอนาคตหากจำนวนนักเรียนลดลงเรื่อยๆ อาจทำให้โรงเรียนวัดกัลยาณมิตรถูกยุบ